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uniprot数据库

uniprot,集成的蛋白质数据库,提供了丰富的蛋白质信息和注释

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简介

UniProt是一个集成的蛋白质数据库,提供了丰富的蛋白质信息和注释。UniProt数据库由三个组成部分组成:UniProtKB(包括Swiss-Prot和TrEMBL)、UniRef和UniParc。

uniprot官网: https://www.uniprot.org/

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Uniprot数据库是资源最广、信息最丰富的蛋白质数据库,是查询蛋白功能的首选数据库。Uniprot数据库由 Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成,数据主要来自于各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列,并包含了很多来自文献中的蛋白及其功能信息。

尤其是swiss-prot 子数据库,库中蛋白质信息都是手工核对过的,非冗余,有详细注释信息的蛋白数据。作为一名科研工作者,Uniprot数据库的使用技能应该是必备的技能之一。

主要功能和特色

1. UniProtKB包括两个部分:
– Swiss-Prot:手工注释的蛋白质条目,提供高质量、详细和准确的蛋白质信息,适用于蛋白质功能和结构研究。
– TrEMBL:自动注释的蛋白质条目,包含未经验证的蛋白质序列,适用于大规模的蛋白质注释。

2. UniRef:提供了蛋白质序列的聚类,将相似的蛋白质序列聚合在一起,减少了数据库中的重复条目,提高了搜索效率。

3. UniParc:存储了所有已知的蛋白质序列,包括已经存在于UniProtKB和UniRef中的序列,确保了蛋白质序列的全面性。

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UniProt数据库提供了广泛的蛋白质信息,包括蛋白质序列、结构、功能、亚细胞定位、表达模式等注释信息,是生物学、医学和生物信息学研究的重要工具之一。通过UniProt,研究人员可以方便地获取和查询各种蛋白质信息,帮助他们进行蛋白质研究和功能分析。

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