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GENCODE数据库

一个全面的人类基因注释数据库,提供了详细的基因结构信息和功能注释。

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简介

GENCODE数据库是一个全面的人类基因注释数据库,提供了详细的基因结构信息和功能注释。该数据库由英国EMBL-EBI和美国加州大学圣克鲁斯分校联合开发和维护,致力于提供最准确和最全面的人类基因注释信息。GENCODE数据库包含了人类基因组中的编码基因、非编码RNA、假基因等多种类型的基因,提供了这些基因的基因结构、转录本结构、蛋白质编码区、功能注释等详细信息。该数据库还提供了基因的表达谱数据、蛋白质互作数据、疾病相关基因信息等,帮助研究人员更深入地理解基因的功能和调控机制。

GENCODE数据库官网: https://www.gencodegenes.org/

GENCODE数据库

总的来说,GENCODE数据库是一个重要的基因注释资源,为基因功能研究、基因组学研究、疾病研究等领域提供了宝贵的数据支持。

主要功能和特色

详细基因注释

GENCODE数据库提供了人类基因组中各种类型基因的详细注释信息,包括编码基因、非编码RNA、假基因等。用户可以查看基因的基因结构、转录本结构、蛋白质编码区等信息,帮助研究人员更好地理解基因的功能和调控机制。

表达谱数据

GENCODE数据库还提供了基因的表达谱数据,用户可以查看基因在不同组织和细胞类型中的表达情况。这些数据有助于研究人员研究基因的组织特异性表达和调控机制。

蛋白质互作数据

除了基因注释信息,GENCODE数据库还提供了蛋白质互作数据,用户可以查看基因编码的蛋白质与其他蛋白质的相互作用关系。这些数据有助于研究人员理解蛋白质功能和信号传导通路。

特色

全面性

GENCODE数据库提供了最全面和最准确的人类基因注释信息,包含各种类型的基因和详细的注释数据,为研究人员提供了丰富的数据资源。

数据质量

GENCODE数据库的注释数据经过严格的质量控制和验证,确保数据的准确性和可靠性。用户可以放心地使用GENCODE数据库的数据进行研究和分析。

更新频率

GENCODE数据库定期更新,保持与最新科研进展同步。用户可以及时获取最新的基因注释信息和数据,确保研究工作的准确性和前沿性。

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Ensembl是一个综合的基因组数据库,提供了多种物种的基因注释信息、基因组浏览工具和数据下载服务。用户可以在Ensembl上查找基因的注释信息、比对序列、浏览基因组结构等。GENCODE数据库

2. NCBI Gene

NCBI Gene是美国国家生物技术信息中心提供的基因数据库,提供了各种物种的基因信息、序列数据、基因组位置等。用户可以在NCBI Gene上查找基因的基本信息和相关文献。GENCODE数据库

3. UCSC Genome Browser

UCSC Genome Browser是加州大学圣克鲁斯分校提供的基因组浏览工具,用户可以在UCSC Genome Browser上查看各种物种的基因组数据、基因结构、保守区域等。GENCODE数据库

4. RefSeq

RefSeq是NCBI提供的参考序列数据库,包含了多种物种的基因组序列、转录本序列和蛋白质序列。用户可以在RefSeq上查找基因的序列信息和注释数据。

 5. GENIE

GENIE是一个基因表达数据库,提供了各种组织和细胞类型中基因的表达谱数据。用户可以在GENIE上查看基因在不同条件下的表达情况和调控机制。

6. GTEx Portal

GTEx Portal是基因组组织表达图谱项目的官方网站,提供了各种组织中基因的表达数据和关联分析工具。用户可以在GTEx Portal上探索基因在不同组织中的表达模式和功能。

7. Human Protein Atlas

Human Protein Atlas是一个蛋白质组学数据库,提供了人类蛋白质的表达情况、亚细胞定位和功能注释。用户可以在Human Protein Atlas上查看蛋白质在不同组织中的表达和功能信息。

8. dbSNP

dbSNP是NCBI提供的单核苷酸多态性数据库,包含了各种物种中的单核苷酸变异信息。用户可以在dbSNP上查找基因的变异位点和遗传变异信息。

9. COSMIC

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